Το έργο διαρθρώνεται στα ακόλουθα υποέργα:

1. Αναβάθμιση και αναδιαμόρφωση του ιδιόκτητου κτηρίου του ΕΚ Αθηνά στο Μαρούσι, με παρεμβάσεις που βελτιώνουν τη λειτουργικότητα, τη χωρητικότητα και την ενεργειακή του απόδοση.

2. Αγορά κτηρίου ή κτηρίων στην ευρύτερη περιοχή της Αθήνας, προκειμένου να καλυφθούν οι αυξημένες στεγαστικές ανάγκες των ερευνητικών μονάδων του Κέντρου.

3. Κατασκευή νέου κτηρίου στην Πάτρα, σε ιδιόκτητο οικόπεδο, για τη στέγαση του Ινστιτούτου Βιομηχανικών Συστημάτων και διοικητικών υπηρεσιών.

4. Ανακατασκευή του ιδιόκτητου νεοκλασικού κτηρίου του ΕΚ Αθηνά στην παλιά πόλη της Ξάνθης, με στόχο τη φιλοξενία ερευνητικών και τεχνολογικών δραστηριοτήτων.

5. Διαμόρφωση του περιβάλλοντος χώρου του κτηρίου στην Ξάνθη, με παρεμβάσεις ανάπλασης, βελτίωσης της προσβασιμότητας και αναβάθμισης των εξωτερικών εγκαταστάσεων.

6. Προμήθεια και εγκατάσταση εξοπλισμού, συμπεριλαμβανομένου εργαστηριακού εξοπλισμού, τεχνολογιών πληροφορικής και επικοινωνιών (ΤΠΕ) και εξοπλισμού γραφείων.

7. Παρακολούθηση, υλοποίηση και συντονισμός του έργου, καθώς και οι απαιτούμενες υποστηρικτικές ενέργειες για την ομαλή υλοποίησή του.

8. Κάλυψη λειτουργικών δαπανών (έμμεσες δαπάνες) που σχετίζονται με την υλοποίηση του προγράμματος.

9. Ανακατασκευή του/των κτηρίου/ων που θα αποκτηθούν στην ευρύτερη περιοχή της Αθήνας, ώστε να προσαρμοστούν στις ανάγκες του ΕΚ Αθηνά.

10. Έγκριση τεχνικών μελετών, επίβλεψη και παραλαβή του έργου ανακατασκευής του νεοκλασικού κτηρίου στην Ξάνθη, μέσω του Αναπτυξιακού Οργανισμού Τοπικής Αυτοδιοίκησης «ΝΕΣΤΟΣ Α.Ε.».

11. Επίβλεψη και παραλαβή των εργασιών διαμόρφωσης του περιβάλλοντος χώρου στην Ξάνθη, μέσω του Αναπτυξιακού Οργανισμού Τοπικής Αυτοδιοίκησης «Περί-Εξέλιξις Α.Ε.».

Στόχος του έργου είναι η δημιουργία ενός σύγχρονου και βιώσιμου δικτύου ερευνητικών υποδομών για το ΕΚ Αθηνά, η αναβάθμιση της λειτουργίας του και η ενίσχυση της ερευνητικής και τεχνολογικής του δραστηριότητας σε εθνικό επίπεδο.